全自動膠囊充填機在運轉時，在*、二工位上膠囊料桶內的膠囊會通過膠囊漏斗逐個的豎直進入送囊板內，先由水平叉推至矯正塊外端，再由垂直又及真空吸力順入模孔中，在真空吸力的作用下并將帽、體分離；第三工位在軌道的作用下，下模塊下降并向外運動；第四工位微丸充填，料斗中的微丸通過上、下開關板的開啟與閉合動作，將微丸送入下模塊里的膠囊體中；第五工位為過渡工位；第六工位用吹氣管路將帽體未能分離的殘次膠囊剔除，并吹進廢囊斗收集處理；第七工位下模塊在軌道的作用下向內運動并同時上升；第八工位鎖合推桿在凸輪的作用下上升，使已充填的膠囊鎖合；第九工位出料推桿在凸輪的作用下上升將鎖好的膠囊推出收集；第十工位吸塵器清理模孔后再次進入下一個循環。